荫昌是个有自知之明的人，他在受命前往武汉收复失地途中，当然不忘绕道彰德请教袁世凯。袁世凯告诫他湖北新军举事情形复杂，他们不是要求加薪，不是要求升官，而是要求政治改革，所以对湖北新军不好鲁莽行事，不好武力镇压。再加上荫昌统率的军队都是袁世凯旧部，他们以袁世凯马首是瞻，荫昌根本指挥不动，所以武昌起义并没有因为荫昌前往镇压而结束。
朝廷似乎也没有指望荫昌能够平息这场军事哗变，所以在命令荫昌率部前往武昌不久（10月14日），就起用三年前因病休息的袁世凯为湖广总督，授权节制湖北所属各军，督办剿抚事宜，宣布起用同样赋闲已久的岑春煊为四川总督。
在接受了朝廷的任命后，袁世凯在彰德老家进行了周密准备，就政治解决和军事部署做了安排。在政治解决方面，袁世凯建议朝廷接受湖北军政府的要求，同意并着手准备在明年即1912年召开国会，组成真正意义上的责任内阁；建议朝廷宽容武昌兵谏官兵，解除党禁。至于军事部署，袁世凯建议朝廷以军咨使冯国璋为第一军总统，速赴前敌；建议段祺瑞为第二军总统，陆续开拔。在此之前，江北提督段祺瑞已经接受袁世凯的召唤，秘密从任所日夜兼程赶往彰德府，参与袁世凯的政治军事谋划。
段祺瑞在接受了朝廷的任命后并没有像冯国璋一样立即开赴前线，因为在这个政治军事敏感期，突然发生了吴禄贞被刺案，段祺瑞受命转往北方处理此事。
11月16日，袁世凯就任内阁总理大臣，重组内阁。袁世凯知道，湖北新军和各地新军起义、反正，其实都不是真的要推翻朝廷，他们就是要朝廷兑现承诺，从事改革，因此对于这些起义、反正不能像过去对待反叛者那样，完全以武力镇压，而必须诉诸和平方才能够解决。所以他在让冯国璋大打了一场，赢得对武昌三镇控制权之后，就让段祺瑞上场，实际上就是要以柔性手腕化解危机。
在北军控制了武昌前线局面后，袁世凯调冯国璋回京担任禁卫军总统，调段祺瑞接任冯国璋第一军总统遗缺。紧接着（11月18日），又建议朝廷任命段祺瑞署理湖广总督，这实际上将湖广地区善后事宜及南北交涉等一并交给段祺瑞打理。
南北密谈：从君宪到共和
段祺瑞是北洋将领中肯动脑子善于学习并具有新思想的人物，他或许知道战争永远只是政治不得已的手段，政治家的最高境界一定是不战而屈人之兵，和平解决是一切冲突的必然选择，所以当段祺瑞11月28日抵达汉口接任湖广总督后，立即下令停止炮击武昌，暗示其部下可以通过各自的关系与湖北新军进行联系，寻求解决方案；强调武昌起义只是体制内的一次兵谏、一场哗变，是对朝廷改革不力、改革失误的抗争；强调南北新军在这一点上是一致的，别无二致，所以也就不必一定要兵戎相见。
武昌前线的和平攻势当然不会是段祺瑞的个人决策与行动，而是袁世凯整体谋略的一个组成部分。就在段祺瑞就任湖广总督同一天（11月28日），袁世凯奏请朝廷颁发上谕，命刘承恩、蔡廷干前往武昌，继续开导革命党人，重回君主立宪的政治轨道，重开和谈。
刘承恩、蔡廷干与黎元洪之间的接触与谈判获得了预期效果，经过武力压制和好言相劝，黎元洪和湖北军政府在大原则上同意接受袁世凯的建议，南北和解，推动朝廷兑现政治改革的诺言，重回君主立宪的轨道。
然而，南北新军的共识并不被朝廷中强硬派所接受，这批强硬派就是后来的那批宗社党人，也就是皇室小范围之外的一个利益阶层。这批强硬派执意反对真正意义上的君主立宪，因为一旦真正意义的君主立宪实行了，他们所享有的政治的、经济的一切特权也就终结了。君主立宪可以保护和尊奉的只是君主和皇室，皇室之外的一切宗室、王公等，当然都不再享有特殊的权利。这就是南北之间始终无法达成妥协的根本原因。