1519年8月10日，船队离开塞维利亚港，前往桑卢卡尔港（Sanlúcar），他们将在那里离开大陆。麦哲伦同他的岳父迪奥古·巴尔波查及妻子和襁褓中的儿子道别，转身奔向岸边等待的船只。

一、艰难的寻找

9月20日，船队正式启航进入大西洋。此前，老巴尔波查派人给他送来可靠消息：船队中的西班牙船长们领有特别任务，他们将不会唯麦哲伦之命是从。麦哲伦早已想好应对之策，那就是“绝对权威”原则。他规定：白天，所有船都必须依据旗帜的指示航行；夜晚，所有船必须跟从旗舰上的灯火指示行动。每天夜幕降临之前，所有船只都必须向旗舰靠拢，所有船长都必须亲自向海军上将致敬。任何违反规定的行为都要受到极其严厉的惩罚。

9月26日，船队到达加那利群岛的圣克鲁斯岛（SantaCruz），这是最后一块熟悉的土地。离开圣克鲁斯岛，麦哲伦指挥旗舰改变了向西直航的既定航线，把船头转向西南，由于这一改变，西班牙船长们与麦哲伦发生了首次冲突。西班牙人的首领卡尔塔海纳要求麦哲伦解释改变航线的理由。麦哲伦决定借此机会树立自己的“绝对权威”。他冰冷地拒绝了卡尔塔海纳的要求，并向所有人宣布：他将独自指挥船队，任何人无权要求他做出解释。羞愤的卡尔塔海纳没有服软，他不再按照规定每天向麦哲伦致敬。

卡尔塔海纳公然违抗命令的行为并没有激起麦哲伦的反击，他展示出奇异的沉默。他不与任何船长交流，每天都独自伫立、思考。事实上，他酝酿着一次行动。很快，机会来了，一名船员犯了错，麦哲伦以征询惩罚意见为由召集4名船长来到旗舰。卡尔塔海纳也来了，他的目的不是要处理船员犯错的事情，而是再次向麦哲伦质问改变航线的原因。麦哲伦依旧保持沉默。卡尔塔海纳不依不饶地继续逼问，两人的对峙达到顶点，这或许正是麦哲伦想要的结果。他命令警卫将卡尔塔海纳逮捕，并告诉他：“你现在是我的阶下囚”，随即又宣布撤销他的全部职务。麦哲伦的态度坚决，行动果断，使其他西班牙人个个胆战心惊，这招杀鸡儆猴的手段取得成功。麦哲伦任命安东尼奥·德·科卡（AntoniodeCoca）取代卡尔塔海纳为“圣安东尼奥号”的船长，船队又恢复了纪律。[5]不久，麦哲伦任命自己的表弟麦斯基塔取代科卡担任船长，完全控制了这艘最大的船只。

经过两个多月的航行，船队于11月29日抵近巴西海岸，这里是葡萄牙人的势力范围，但葡萄牙人还没有在这里建立殖民据点。当地的土著居民从四面八方向岸边聚拢，他们对船上的小商品很感兴趣。根据比加费塔的记载，船员们用船上极其廉价的小物品可以换得比之价值高出十倍、百倍的东西。一把小梳子可以换两只鹅；一面小镜子可以换十只鹦鹉；一个小铃铛可以换得一筐白薯。当他们离开巴西时，船队上已经装满了土著人的各种货物。