孙文等人还让黄兴整合军队准备北伐，但是黄兴对此根本无能为力，军事调动的命令好说，战略规划也好说，但是临时政府不给各师发放军饷，补充枪支弹药，根本就不能让他们上线前作战。黄兴让镇江都督林述庆担任临淮总司令，率部北上以压缩徐州一线，可是军需供应困难，枪支弹药奇缺，根本就无法动弹只能继续在临淮、清江一带待命，说是待命呢，其实也就是占地盘，搜刮军费，毕竟南京陆军部不给军饷，林述庆手下这么多大头兵也得吃饭不是。
如此这样就造成了一个很有趣的局面，南京临时政府陆军部把南京周边的部队整编成了二十多个师，但是能够拿军饷的只有少数几个，真正听从命令并且得到补给的也只有黄兴手下的11、12师，剩下的不是军械奇缺就是人员短缺，真要打起来估计也只能看戏。
如果说以前黄兴是因为看到了南方军队势力太差无力北伐而生出和谈的心思，那么现在黄兴还是抱着同样的理由。而孙文在刚刚回国担任临时大总统之际，可谓是意气风发一心想要北伐，甚至全然不管不顾陶成章等光复会人的反对，由此造成同盟会和光复会的矛盾加大，以至于双方彻底决裂。
而当孙文当了大半个月临时大总统后，面对南京临时政府的职员们，各国的外交人员以及士绅们，脸上的笑容虽然依旧但是那股深深地疲惫却是无时无刻都在表达这他对局势的无能为力。
南京临时政府的财政问题就像一把利剑一样，正在缓慢插入心脏，时间一点一滴的流逝，利剑就越来越靠近心脏，最后引发彻底崩溃。
如此巨大的压力下，孙文终于是承认革命不但需要精神，还需要钱。为了钱不惜和日本借款，甚至以私人的名义找人借等等各种办法都来。此时，日本方面还依照着代理人计划，一方面给予陈敬云扶持而另外一方面对南京临时政府加以扶持，虽说对南京方面没有乐观态度，但是日本依旧用商业交往等私人名义陆续给南京临时政府提供了近千万的贷款。
即便如此，南京临时政府的财政问题也得不到根本性的解决，究其原因，是因为南京临时政府虽然被各省表面上承认，但是实际上只是一个代表会议而已，包括蔡锷、陆荣廷甚至广东的陈炯明都对这个南京临时政府没什么信心和认同感，这也包括陈敬云在内，各省的税款基本都自己截留自用，也都编练着自己的省内部队。对南京方面除了发发几封通电表示下自己对南北和谈的关注外，基本就没下文了。
从实际性而言，南京临时政府只是一个南方各省推出来的表面政府，只是一个名义上的统一政府，并不具备实际意义，在南方各省的实权都督眼中，临时政府就是用来南北和谈的。军队嘛，陈敬云和蔡锷甚至广东的陈炯明都没想过靠南京方面，而是自己练自己的兵。南京临时政府的实际权威只局限于南京方圆百里以内，或许百里还不到。
这样造成的实际情况下，一个空有名头的南京临时政府根本就没有足够的实力来对抗北洋。
这个问题黄兴早就看明白了，光复会的人也早就看明白了，到了后来孙文也看明白了。
等到了一月下旬的时候，南京临时政府内包括孙文在内的诸公已经达成一致。那就是和谈。而且是真正的和谈，不再是像前些时候那样名为拖拖拉拢。当然了，为了给和谈制造声势，同时为了准备袁世凯不答应和谈，北伐的准备还是要继续做下去。
等南京这帮人明白过来的时候，陶成章却死了！
陶成章和孙文的矛盾由来已久，已经不是一天两天的事了，早些年的时候就发生过多次争吵，辛亥回国后由于共和大局已成，光复会和同盟会之间的正统之争更是达到了最为激烈的程度，在政治上光复会推举章炳麟取代孙文，意图谋取大总统职位，在军事以及其他实权位置上，陶成章前期发动各种力量准备推翻陈其美的上海都督之位，后来又和陈其美争夺浙江都督之位。
陶成章因为和孙文关系不和，同时又威胁到陈其美谋取浙江都督一位，加上光复会和同盟会之间剧烈的党派斗争，使得陈其美终于是忍不住派出了杀手意图行刺陶成章，企图从根本上解决浙江都督之争。
早在十四号那天陶成章就被刺客行刺过一次，不过那次陶成章命大，只是手臂受了点伤，而两个刺客也被当场打死，其中一个叫蒋志清，另外一个叫王竹卿。而这次未成的刺杀也引起了轩然大波，就连远在福州的陈敬云在看到报纸上说陶成章被刺杀后也觉得不可思议。
这陶成章可是光复会的领袖人物，而且要刺杀他的人里头竟然还是同盟会的人，几乎瞬间里就引爆了火药桶。光复会和同盟会开始大骂，不但在报纸上骂，就连现实里见到了也经常看见这种事情的爆发。
这还不算呢，就在这个火药桶被引发的时候，在二十二号那天陶成章再一次被行刺！这一次陶成章没有上次的好运气了，刺客一人一枪一发子弹就把陶成章给爆了头，更关键的是竟然还让那刺客给跑了，这等事情简直就是现实版的刺客演义传。
这下好了，原本双方就已经闹得纷纷扬扬了，这会又来一场刺杀，同盟会和光复会的矛盾立即爆发，光复会甚至正式宣布和同盟会决裂，要自己组建一个政党，并坚决反对孙文当大总统，南北和谈还没结束，光复会就已经准备弹劾孙文把他这个临时大总统拉下台了。