这回玛丽小姐芳心动摇了，这一封封朴实无华的信证明巴斯德不是那种纨绔子弟，她完全可以托付终身。他们开始在花园里幽会，在巴斯德稿纸成堆的书桌前对灯静坐到很晚很晚。爱情再不是折磨巴斯德感情的绞索，而成了他这架科研机器的润滑油。有玛丽在身旁，他写作时就文思泉涌，千言立就。他钻进实验室里，虽然总想早点儿出来去看看她，但一想到应该对得起她的爱，便又沉下心来工作了。而玛丽时间长了不见他，就像一只小猫一样悄悄地溜进实验室，将一双小手轻轻地搭在他的双肩上。
巴斯德这次爱情攻关虽再三迂回，却事半功倍，不到半年时间，1849年5月29日，他们便举行了婚礼。但就在宾客临门，典礼就要开始之时，却找不见了新郎，大家都十分焦急。这时只有玛丽不慌不忙，她说：“别急，他一定在实验室里，可不能让那个实验半途而废啊！”
婚后不久，他们夫妇便迁居里尔，巴斯德任里尔学院的院长兼教授。里尔，这是一个酿造业很发达的城市。巴斯德很快在这里找到了自己的新课题，掀起一场关于微生物的轩然大波。
一天，当地的造酒商来找巴斯德，说几个月来，他们的酒突然一下子都发酸了，一桶一桶地倒掉，他们的厂子眼看就要倒闭，请化学家务必救他们一把。巴斯德这个皮匠的儿子，从小闻惯了鞣皮子的味道，连酒坊门也没有进去过，但他确信有列文虎克留下的武器——显微镜，不怕弄不出个结果。
他到酒厂取回好酒浆和坏酒浆各一桶。先从好酒浆里取出一滴放在显微镜下，里面有许多细小的球，这是酵母球，就是它使甜菜浆变成了酒。他再从坏酒浆里取出一滴，奇怪，酵母球没有了，有的只是一些细杆杆，它们很小很小，大约只有二万五千分之一英寸。他立即又从厂里搬来许多桶一一化验，都找到了这种小细杆。他明白了，一定是这些菌消灭了酵母球，独霸了天下，于是香甜的酒就变成了苦酸的黏液，像一桶酸奶。他又配了一瓶酵母汤，然后往里面滴入一点细杆菌液。他想如果我这个推论正确，这种细杆菌就会在这瓶里繁殖起来的。
它会不会活、会不会繁殖呢？夜深人静了，巴斯德做完这一切，才洗洗手，怀着忐忑的心情，掩上实验室的房门回到卧室。床头亮着一盏小小的灯，这是给他留的，玛丽已经入睡。自从他们结婚以来，几乎想不起有几次是同时就寝的，总是玛丽收拾完家务，又帮他抄写一会儿论文，实在困乏至极，只好一人上床去，所以每次巴斯德深夜回房，总怀着一种深深的歉疚之情。
当巴斯德轻手轻脚刚走近床头时，玛丽突然将被子一拉，蒙上鼻子，喊道：“呀，你又去摆弄那些酸酒桶了。”
“亲爱的，对不起，我应该先去洗个澡的。”
这时玛丽嫣然一笑，退下被头说：“算了吧，也不看几点钟，再洗完澡就天亮了，再说化学家身上的气味哪儿是肥皂就能洗掉的？”
巴斯德上了床，但是眼看着天花板，还是不能入睡。玛丽知道实验室的温箱里一定又放上了什么瓶子，才搅得他这样心绪不宁。每逢这种晚上是巴斯德最难过的，也是玛丽最焦虑的。她用自己柔嫩的手抚摸着巴斯德那双被药品烧起一层老茧的大手，抚慰着他疲倦的身体。当手碰到巴斯德的胸口时，她感觉到他的心脏在剧烈地跳动。她吓坏了，一下将耳朵贴在他的胸口上：“亲爱的，是不是心脏病又犯了？为了那些小动物也不能不顾自己啊。”
巴斯德拍拍她的手平静地说：“别怕，心跳快一点儿说明工作速度快，抢到了时间，有什么不好。”
玛丽说：“我们会成功的。明天这实验一做完，你就是我们的牛顿，我们的伽利略。”
他们真的成功了！第二天一早，巴斯德抽出那个小瓶子，昨天放进去的一个小灰点，现在起了气泡，他轻轻摇晃一下，瓶底升起缕缕灰雾，他取一滴放在显微镜下，惊呼道：“它们活了，它们繁殖了！”像牛顿开辟出经典力学一样，巴斯德开辟了微生物领域，他也是一位科学巨人。
