几乎所有的回忆录都说军国民教育会是一个排满革命组织，而撰写者又大都是该会会员或当时的留日学生，如刘揆一的《黄兴传记》、陶成章的《浙案纪略》、秦毓鎏的《自书履历》、李树藩的《甲辰拒俄义勇队与长沙之革命运动》、苏鹏的《柳溪忆语》以及王辅宜的《关于军国民教育会》等，其中说得最明确的是冯自由的《革命逸史》：
军国民教育会与义勇队性质不同之点，后者属于拒俄御侮，而前者则属于革命排满，此其宗旨悬殊者也。义勇队既解散，学生之卑怯者，以畏惧政府干涉，不敢再预闻政治运动。湖北学生王璟芳因举发义勇队志在革命有功，清廷嘉之，特旨赏给举人。叶澜、董鸿祎、秦毓鎏诸人不为少屈，乃于癸卯夏间发起军国民教育会，群推秦毓鎏起草立会意见书。……军国民教育会成立时，以本身性质属于秘密团体，须预防破坏，且须计之破坏后之安排，故定名颇费斟酌。而招收会员，概取严密，人数不多，咸能恪守规章，保存机要。开会无定期，会场无定所，故自癸卯成立起至乙巳合并同盟会止，迄未破坏。……更推举同志返国分省运动起义，名曰运动员，黄轸、陈天华即被派回湘之运动员也。[1]
关于军国民教育会的性质，早在60年代，金冲及、胡绳武先生即作过考证，指出在秦毓鎏等人发表改变宗旨意见书之前，军国民教育会不是一个革命组织。[2]但该文似未引起充分注意。由于将引起的组织解体仅认作成员分化，以为团体依然存在，并朝着革命方向转化，而此后海内外多数著述仍沿用旧说，张玉法便将该会列入《清季的革命团体》。直至近年，误说还被一再重复。因此，全面核实误点，深入揭示误因，就显得很有必要。
1903年5月11日，学生军正式改称军国民教育会，当日大会通过的《公约》明确宣布宗旨为：“养成尚武精神，实行爱国主义。”《临时公约》亦称：“此公约之目的在拒俄。”[3]军国民教育会派遣运动员归国，并不是为了发动革命，而是募捐筹款，联络同人，两位特派员的使命更是向清政府及袁世凯请愿。这样一条上层路线，遭到上海军国民教育会的反对。“学生军之出现也，热心如沸，而种族之界辨未明，欲运动伪廷与之共事。故特派员至上海，述前途方针，演说于爱国学社。吴敬恒首反对之。军国民教育会之募捐启，亦为《苏报》所齿冷。”特派员北行失利，清政府诬指学生“名为拒俄，实则革命”，《苏报》案的严酷事实以及上海同志的尖锐批评，才使“会中方针渐变，受伪诏之激刺，电召特派员还东”[4]。
像王璟芳那样甘愿做清朝顺民的人，决不会列名于一个革命团体。7月5日大会上，他公然声称“大清不可背负，政府不应乱诋”，煽动退会。“演说者曰：‘何故除名？’王曰：‘不同宗旨故。’演说者曰：‘何以不同宗旨？’王曰：‘本是拒俄，变为排满，我所以除名。’”[5]并于会后将意见书送交总监督汪大燮。此外，曹汝霖等政府派学生也为该会捐了款。这些都说明，在此之前，军国民教育会不是一个反清革命组织。而秦毓鎏等人的意见书并未得到多数会员的赞同肯定，相反导致了组织的分裂以至于瓦解，因此不能作为判断组织属性的依据。该会由一份修改宗旨的意见书而解体的事实，恰好证明其性质不是革命。冯自由误判的关键，就在于将提出意见书的目的由修改宗旨当成发起立会。所以，整体而言，东京军国民教育会始终没有从爱国团体转变成革命团体。
然而，问题并不仅此而已。在确定军国民教育会爱国的基本属性的同时，不能否认在其内部存在着大量的革命因素，因而又带有较强的革命色彩。
