研究清末政治小团体的学者往往注意到这些组织的地域色彩，并归咎于其成员的主观意识。然而，中国教育会从一开始就没有用狭隘的地域观念把自己局限起来，而是力争建设成为全国性组织，这从它标明为“中国教育会”即已昭然。该会章程规定：“本会置本部于上海，设支部于各区要之地。”[1]后来又进一步明确为：“本会设中央事务所于上海，其会员在各地至十人以上则设一地方事务所。”[2]蔡元培对于教育会沟通内外的功能作用有很好的说明：“上海全国交通之毂辐也，内之可以输进文化，外之可以联络声气，非于此设一教育会以媒介之，尤不可。”[3]从整个活动看，该会积极贯彻了这一原则，并在一定程度上付诸实现。
中国教育会几经起伏，人员流动很大，多则百余，少则十数，[4]会员籍贯分布于苏、浙、闽、皖、直、鄂、湘、粤、桂、甘等省，其中以江浙人士居多，但其他省籍会员如湖北的王慕陶、戢元丞，广西的马君武，安徽的汪德渊、蒯寿枢，湖南的章士钊、陈范，福建的林森、林獬，直隶的张继，广东的徐敬吾，甘肃的陈竞全等亦起重要作用，其中不少人还担任过职员。这种情况反映出上海移民社会的背景。清末这里成为各地新知识群中精英分子的荟萃之所，他们时而聚会上海，时而分散各地，使得上海与各地知识界保持着密切联系。
中国教育会的直辖分支主要分布于江浙一带，同时通过各种渠道，与许多重要省份新知识界中的革命分子建立了密切联系。1903年春成立于上海的福建学生会，会长林森及骨干林獬都是中国教育会会员，其活动往往借用中国教育会所或爱国学社校舍。王慕陶、戢元丞等与湖北进步知识界联为一体，他们创立的国民丛书社，“同乡公举以为上海机关，于吾湖北关系甚大”[5]。由湖北革命小团体花园山机关派赴上海设立联络处昌明公司的万声扬，就与国民丛书社保持直接联系。继起的科学补习所也与中国教育会互通声气，其章程即刊登于中国教育会的机关刊物《警钟日报》上。
湖南方面，陈天华、黄兴、杨毓麟等人均与中国教育会会员过从甚密。陈天华多次在中国教育会的机关刊物上发表政见。黄兴于1903年作为东京军国民教育会运动员归国时，曾与中国教育会接洽，以后又赴沪与蔡元培等人密谋，计划以上海为国内各地及东京同志的集合点，华兴会起义时大举响应于东南。杨毓麟在京津一带的暗杀活动，及其为配合华兴会起义在上海设立的策应机关爱国协会，以及起义失败后与逃亡到沪的黄兴等人重建的组织，都有不少中国教育会会员参加，所以连宋教仁都知道“《警钟日报》社原属同宗旨”[6]。没有中国教育会的协助，华兴会很难在上海立足活动。此外，华兴会中的张继、秦毓鎏、翁浩、叶澜、章士钊等人均曾加入中国教育会或参与过该会的活动。
安徽的陈由己也与中国教育会关系密切，1903年他到芜湖创办《安徽俗话报》，印刷即由中国教育会属下的东大陆图书局承担。后来他发起组建了岳王会。光复会的情况更不待言，会员中一部分来自留日学生的暗杀团，一部分则来自中国教育会，如蔡元培、章炳麟、蒋智由、刘师培、蒯寿枢、林獬、柳亚庐等。相比之下，后者的地位更显重要。中国教育会中激烈派早有暗杀密谋，因与温和派意见相左，办事诸多掣肘。在这种情况下，他们自然会产生另组机构专门从事秘密活动的意念。
