讲到孙中山与庚子勤王运动的关系，首先应注意兴汉会在自立军中的地位和作用。一般认为，到1900年春，兴汉会事实上就消亡了。[2]而在此之前，两湖哥老会已经倒向保皇会。因此，自立军起义时，兴汉会不再发生作用。兴汉会由孙中山、毕永年等人发起，是兴中会与两湖联系的重要组织形式。它的消亡，当然表明兴中会在这一方面的影响无形中止或大大削弱。只是这种看法与史实明显不符。
追根溯源，自立军是孙中山与湖南维新派合作以谋大举的结果。戊戌变法失败后，1898年10月，唐才常、毕永年东渡日本，向流亡于此的康有为、梁启超进言勤王举义，争取日本的援助。[3]经毕永年介绍，唐才常又与孙中山会晤，“对于湘、粤及长江沿岸各省之起兵策划，有所商榷”。[4]11月24日，杨衢云函告谢缵泰：“我们的计划获得成功，和湖南的维新派取得合作。……但由于自私妒忌的缘故，两党联合可能有困难。”[5]前者指唐才常、毕永年等人，后者则指康、梁一派。毕永年本来主张激进，提倡种族思想，戊戌政变发生，自断发辫，火其贡照，“示不复再隶于满清之治下”。[6]到日本后，毕永年的反满情绪激化，与康有为已生隔阂，而与孙中山结识，却受到重视。11月中旬，他接到湖南急电，会党起事在即[7]，欲归国行动。平山周获悉，以为湖南一隅发动不易成功，与同志商议，希望暂缓其事。孙中山即请毕永年和平山周二人赴湖南视察会党情形。[8]
毕永年、平山周视察的结果，认为维新势力已经寂寞无足观，而哥老会“必可为他日革命军之一势也”。[9]1899年2月，毕永年因事与康有为决裂[10]，回到日本向孙中山复命。孙中山得知湖南会党的详情，力主湘、鄂、粤同时大举。是时唐才常再次东渡，与康、梁筹划起兵勤王事宜，与孙中山筹商长江各省与闽粤合作之事。由于保皇会在海外声势浩大，唐才常不便与兴中会合作，态度较前消极，经毕永年、平山周等多方斡旋，始订殊途同归之约。[11]为此，孙中山派毕永年返回国内，联络湖南会党头目。经过努力，毕永年于1899年9月率湖南会党头目赴香港，与陈少白等人商议合作办法。在陈少白、宫崎寅藏等人的帮助下，10月上旬成立兴汉会，公推孙中山为总会长。11月9日，宫崎寅藏和陈少白由香港抵达横滨，向孙中山报告组成兴汉会的情况，呈交会长印信。[12]
1899年11月中旬，林圭等人应唐才常之邀，准备返湘联络会党。孙中山和陈少白、平山周、宫崎寅藏等出席了梁启超、沈翔云等人在红叶馆举行的送别会，席上梁启超还把合作的话殷殷商酌。林圭临行前向孙中山请益，孙中山为其介绍在汉口俄国顺丰茶行当买办的兴中会会员容星桥。此举应是兴中会与湖南维新派合作的具体体现，双方的确是在通力合作。这时孙中山刚刚成为兴汉会总会长，等于将兴中会在两湖人马的班底作为与唐才常等人合作的基础。林圭返湘不成，临时改到汉口，与容星桥等人一起创办义群公司，骨干即为兴汉会成员。容星桥还帮助林圭在租界寻找开设公所以为联络机关的住房。所以林圭说：
满事未变以前，中峰主于外，既变而后，安兄鼓于内。考其鼓内之始，安兄会中峰于东而定议，与平山周游内至汉会弟，乃三人同入湘至衡，由衡返汉。其中入湘三度，乃得与群兄定约。既约之后，赴港成一大团聚，于是本公司之名大噪，而中峰之大英豪，人人始得而知仰企矣。[13]
兴汉会是兴中会与湖南、广东会党的旧式结盟，而非新型社团或党会组织，与盟兴汉会的会党首领多为挑选出来的代表，他们在自立军系统中的地位一直未被动摇。同时，尽管这些会党首领接受过康有为的赠款，令毕永年一度失望而削发为僧，唐才常的政治宗旨与林圭等人又不一致，但兴中会对自立军系统的影响却一直赖以保持。
