袁世凯借民国之名行专制之实的严酷事实，使孙中山的满腔热望化为泡影，也使他从幻想中回到现实。“二次革命”失败后，孙中山再度流亡日本，痛定思痛，他深感在中国欲建立实至名归的共和制，必须有一个坚定服从领袖主义的组织和一套切实可行的措施。为此，他召集同志，组织中华革命党，在该党党章的总章中重新提出三个时期的划分，标志着孙中山革命程序论的又一变化阶段。
与前此比较，中华革命党党章关于革命程序论的表述在形式上没有大的变动，但有两点重要变化值得特别注意：第一，三个时期的名称，分别由原来的“军法之治”、“约法之治”、“宪法之治”改为“军政”、“训政”和“宪政”，其中一、三期的内容变化不大，关键在于第二期，由“约法”到“训政”，使原来“军政府与人民相约”的意义消失了，变成“以文明治理，督率国民，建设地方自治”。第二，规定自起义之日至宪法颁布之时，总称为“革命时期”，“在此时期之内，一切军国庶政，悉归本党负完全责任”，而不是如《革命方略》所规定的由“军政府”负责。
同时，该章程一面宣称“凡中国同胞皆有进本党之权利义务”，一面又将党员分为首义党员、协助党员和普通党员，在革命成功之日分别成为元勋公民、有功公民和先进公民，享有参政执政、选举被选、选举等不同等级的权利，而所有的非党员在革命时期之内，“不得有公民资格。必待宪法颁布之后，始能从宪法而获得之；宪法颁布之后，国民一律平等”。[40]这样一来，革命党的责任权利义务大大增强，而一般国民的地位则相对降低，在革命时期没有公民资格，只能成为革命党督导的对象。这些变动和区分，引起吴稚晖等旧日同志的怀疑和不满，指为提倡权利；而后来也的确被国民党加以利用，作为长期剥夺人民民主权利的借口，产生了相当消极的历史作用。
关于“训政”，后来孙中山专门做过解释，他说：“须知现在人民有一种专制积威造下来的奴隶性，实在不容易改变，虽勉强拉他来做主人翁，他到底觉得不舒服。”“所以我们革命党人应该来教训他，如伊尹训太甲样。”[41]对民众的力量认识不足甚至轻视民众的作用，是那一时代革命党的通病，中华革命党虽然自视为民众的代表和指导者，实行民权主义，在强敌当前的形势下，不能不对民众有所依靠，其实关系仍然相当隔膜。况且孙中山的认识论本来包含先知先觉、后知后觉与不知不觉的分别。由“约法”改为“训政”，从一定角度看似为经历了民初政局变动的挫折后，孙中山思想的消极面增长的结果。
然而，孙中山何以会在大敌当前之下改“约法”为“训政”，简单的批评不能提供令人信服的解释。
孙中山的这一改变，自有其时势。他过去以为临时约法给了人民直接民权，可以防止政客军阀专制，因此革命成功，民族、民权两大主义即告实现。而后来事态的发展证明这完全是空想。“吾党之三民主义，只达其一，其余两主义，未能施行。”[42]对于这样令人沮丧的结局，孙中山在重新恢复以民权、民生两主义为本党宗旨的同时，认为重要原因为“不经训政时代，则大多数之人民久经束缚，虽骤被解放，初不瞭知其活动之方式，非墨守其放弃责任之故习，即为人利用陷于反革命而不自知”。[43]所以必须加以训导，以补人民程度之不足。
