僖宗病危时，群臣因僖宗子幼，拟立皇弟吉王保为嗣君，只有宦官杨复恭请立皇弟寿王杰。寿王正是后来的昭宗，他与僖宗同母所生，僖宗一再出奔，寿王都随从左右，僖宗也特别倚重他。于是由复恭倡议，奏请僖宗，此时僖宗已经不能说话，只是略微点头算是恩准了，于是文德元年（公元888年）三月下诏立寿王杰为皇太弟，监军国事。当天就由中尉刘季述，率禁兵迎入寿王，安置在少阳院，由宰相孔纬，杜让能带人去观察。群臣见他“体貌明粹，饶有英气，亦皆私庆得人”。结果刚到第二天，僖宗就驾崩了，遗诏命太弟嗣位，改名为敏，寿王即位柩前，后又改名为晔，是谓昭宗。
“昭宗圣穆景文孝皇帝讳晔，懿宗第七子。母曰惠安皇后王氏。咸通八年三月二十二日。生于东内。以其日为嘉会节。咸通十三年四月封寿王。名杰。乾符四年。遥镇幽州。文德元年三月。立为皇太弟。监国。改名敏。翌日。即位。改名晔。”——《新唐书》卷二。
在李晔即位的第一年，主要政治问题仍然是宦官控制朝政的问题，此时的宦官头目正是力排众议拥立李晔即位的杨复恭。李晔这个人从来没有像他哥哥僖宗依赖田令孜那样依赖杨复恭。在即位之后，李晔立即向宰相们表明，他希望由宰相掌握朝政。宰相们于是劝告皇帝，要果断地抑制宦官的势力，就像当初宣宗以前试图做的那样。经过数次明里暗里的交锋，杨复恭最后被李茂贞和王行瑜的联军打败，并被王行瑜的士兵俘获，带回京师处死。这件事使李茂贞和王行瑜的势力迅速膨胀，也为后来昭宗个人所受的挫折埋下了种子。
当李晔为重掌朝纲而进行斗争时，他又陷入与李克用的敌对行动之中。虽然李克用是剿灭黄巢的最大功臣，但是藩镇和朝廷双方都对沙陀突厥的最终目的存有戒心。因为沙陀对朝廷的效劳只是在允许他们占领大部分河东的情况下才取得的，从河东他们可以威胁关中、河南和河北。华北许多地方都普遍对突厥人怀有恐惧之心，这就给朝廷提供了一个极好的机会去采取主动行动和对他们组织一场得到广泛支持的战役，以显示皇帝的领导地位，甚至使朝廷恢复对关中以外的疆土的控制。
这一计划的主要倡议者是怀有利己的政治目的的两个宰相张濬和孔纬，因为他们希望胜利会增强自己的力量，使他们有可能彻底根除朝廷中的宦官，结束宦官对大唐军队的控制。大多数的朝臣反对这个计划，其中包括另外两名宰相刘崇望和杜让能。李晔本人也相当动摇和恐慌，但是作为冲动的年轻人，战胜杨复恭的希望已经蒙蔽了李晔的双眼，最后不顾反对而批准了这一方案。
结果不言而喻，唐廷全面败北。对李克用之战是唐朝对京畿区之外最后一次积极干预行动。从那时起直到大唐灭亡为止，朝廷完全忙于抵御长安周围那些越来越咄咄逼人的和怀有敌意的节度使，朝廷自身也继续为内部斗争所折磨。
讨伐李克用的失败使藩镇对朝廷更加藐视，最直接和最可怕的对手就是李茂贞。那时的李茂贞已经加封为陇西郡王，势力有了大的发展，他开始对朝政关心起来，有了当皇帝的意思。一些大臣认为他指手画脚，眼中没有君主，便对他加以斥责。李茂贞不肯服软，立即修书一封反击。朝中一些大臣为了巩固自己的权势，也和李茂贞联合，对抗其他大臣，这使李茂贞更加骄横，言语当中经常有不恭敬之词。
景福二年（公元893年）七月李茂贞在一封写给皇帝的奏章中嘲笑朝廷的软弱态度，信的结尾是那句唐末名言，“未审乘舆播越，自此何之！”，年轻天子勃然暴怒，与宰相杜让能商议惩罚李茂贞，杜让能却进谏道：“陛下初登大宝，国难未平，茂贞近在国门，不宜与他构怨，万一不克，后悔难追。”李晔大骂让能：“王室日卑，号令不出国门，这正志士愤痛的时候，朕不能坐视陵夷，卿但为朕调兵输饷，朕自委诸王用兵，成败与卿无干。”