1992年后，高等教育哲学、高等教育社会学、高等教育政治学、高等专科教育学等新的高等教育学分支学科得以创建。同时，已经建立的各分支学科也得到了不同程度的发展，这些学科都出版了新的系统性著作。截至目前，高等教育学分支学科共有18个，包括：高等教育哲学、高等教育史、比较高等教育学、大学德育论、大学课程与教学论、高等教育心理学(包括大学教育心理学、高等学校心理学、大学生心理学等)、高等教育结构学、高等教育经济学、高等教育管理学(包括高等学校管理学)、高等教育评价学、高等教育社会学、高等教育政治学、高等工程教育学、高等师范教育学、成人高等教育学、高等职业教育学、高等专科教育学、研究生教育学。
由于分支学科众多，以下只对1992年以来高等教育史、高等教育管理学、比较高等教育学、大学课程与教学论、高等工程教育学、大学德育论、高等教育经济学等主要分支学科的发展情况分别进行简要论述。剩余学科以表格形式呈现其主要著作。
一、发展阶段高等教育史学科建设
高等教育史学科自20世纪80年代创建以来，至1992年，学科建设工作进展缓慢，学科专著寥寥。在高等教育学的发展阶段，高等教育史学科在一批学者的努力下，逐步发展，研究领域不断拓展，研究成果有较大增长，学科建设工作取得进展。
(一)高等教育史的学科理论研究取得进展
潘懋元对高等教育理论和高等教育史的关系进行了论述，指出，高等教育理论与高等教育史的关系可以概括为“论从史出”,高等教育实践与高等教育史的关系可以归结为“鉴古知今”或“古为今用”。开展高等教育史的学习和研究，不仅能深化高等教育理论，而且能为高等教育改革现实服务，并进一步促使高等教育学学科的完善和成熟。①高等教育理论建设，有赖于高等教育史研究的支持。高等教育学学科建设，急需高等教育理论工作者和高等教育史研究工作者的合作。②
蔡克勇对研究高等教育史应注意的问题进行了论述。他指出，研究高等教育史，应以近现代，特别是现代为主；应探求其内在规律，揭示带有普遍意义的事物，以资今天吸收和借鉴；应联系当时经济、科技和社会发展的宏观背景来分析那个时代的高等教育特征；应把它作为一门学科，探讨它的发展与其他学科发展的内在联系。③
毛祖桓和陈学飞在1999年分别对50年来中国和外国高等教育研究进行了述评，分析了研究进展和主要成就。这对当时的高等教育史在前人基础上继续开展研究是有价值的。④
刘海峰针对高等教育史学科建设问题多次发表文章，论述观点，对高等教育史学科建设做出了重要贡献。他对高等教育史学科的性质、功能，研究高等教育史的意义，论与史的关系，我国高等教育史研究的现状，高等教育史研究的现存问题，如何融通教育与历史，兼采两类学科之长等问题进行了深入研究，提出了很有价值的观点，推动了高等教育史学科的建设。⑤
张斌贤在2005年提出，在中国当代大学教育发展的关键时期，大学史研究具有特殊的理论和实践意义；应把大学史研究建成一个专门的学术研究领域，以深化对大学发展基本问题的探索。①该观点为高等教育史学科建设的合理性提供了启示。
此外，有多位学者针对高等教育史研究的意义、高等教育史学科的定位、学科功能、高等教育史研究现存的问题、未来高等教育史研究的基本走向和价值选择、高等教育史研究的模式和计量方法、高等教育史研究的逻辑、口述史的理论研究、文献法的使用、美国高等教育史学的发展等方面进行了研究和探讨，丰富了高等教育史学科理论，推动了高等教育史学科的建设。②
在高等教育史学科的理论研究中，如何明晰高等教育史的学科范畴、构建高等教育史的理论体系、运用多学科研究方法开展研究，是学者们应进一步思考的问题。
