尽管行政管理的基础是“理性行为”，但是，人的理性是有限的。如果校长一味套用行政管理思想来管理中小学校的各方面工作，必将面临诸多矛盾和冲突。这既是由行政管理理论的内在局限性导致的，也是由学校组织的特殊性造成的。
首先，行政管理理论的局限性表现为：第一，劳动的高度分工会降低许多工作的挑战性和新鲜感，最终导致员工表现下降，降低工作效率。第二，对组织规则的过分依赖会引起低效率和惰性，甚至导致过度的繁文缛节和刻板性。第三，组织中应有下行和上行两条沟通渠道，但行政管理只有下行一个方向。造成组织成员由于信息不对称而无法参与决策。第四，由于专业性工作的表现难以计量，所以，组织的行政管理更注重通过“资格”和“忠诚度”而不是以竞争和优点作为晋升的决定性因素。
其次，行政管理强调对结构的控制超过对人的认识，但中小学是学习型组织，教师基于专业而具有专业权利，学生则具有受到法律保护的“权利”。尽管校长处于组织层级结构的顶端，具有最终的发言权，但如果他只采取行政命令和规章制度来管理学校，而作为组织重要主体的教师和学生只能被动接受指令，就忽视了教师的权利和学生的权利，造成这两个主体的自主性缺乏，进而难以充分调动他们的积极性和发挥他们的主动性。因此，校长的职责由单纯地监督他人的工作已经转向为重新构建组织结构以及分配各类资源的方式。
案例分享
学校该不该给成绩差的学生戴“绿令巾”
10月17日，中午放学后，西安未央区第一实验小学门外，一些孩子胸前的绿领巾在人群中显得格外扎眼。中午时分随着下课铃响起，小学生们在老师引领下排队回家。最先走出校门的是一年级学生，队伍自然地被他们佩戴的领巾颜色分成了两类：一部分孩子戴着鲜艳的红领巾，另一部分孩子则戴着绿领巾。
据了解，“绿领巾”事件已经不是第一次发生了。上海、北京、武汉一些地方也曾出现过“绿领巾”，美其名曰是作为少先队员预备期的教育形式，暂且不论这种做法是对是错，是好是坏。此次，西安未央区第一实验小学出现的绿领巾竟然成了差生的标识，据了解，一些学习成绩不好的学生被老师刻意发放了区别于正常颜色的红领巾，以示激励。但是，绿领巾并没有赢得家长和学生们的欢迎，甚至是反感。尽管校方之后向外界表示，绿领巾并非有意区分好学生会和差学生，只是作为激励学生进步的一种机制，“绿领巾的含义，就是告诉他加油努力，下次争取戴上红领巾。”
说到这里，我们说，变了色的仅仅是红领巾的颜色吗？这显然反映出了目前中小学教育体制管理上的一些弊病。面对祖国未来的花朵，我们还要手下留情，不能任由这种摧残青少年心智的事情屡屡发生。
从小我们就被教育，红领巾作为少先队员的标志，它代表队旗的一角，是用革命先烈的鲜血染成的，需要尊重它和爱护它。可如今，这变色的红领巾，如何让人们时刻保持对它的崇敬和爱护。更重要的是，作为一种激励机制，校方应该替学生考虑，这样才能起到真正的鼓励作用。可现实是学生和家长很是不买绿领巾的账。大部分家长认为，这是对孩子的一种侮辱和自信心的打击。
资料来源：红网，
在上述案例中，给学生佩戴“绿领巾”的做法显然只考虑到了行政管理中“奖罚分明”的原则，而没有考虑到学校作为教育组织的特性。这种做法伤及了学校的组织专业基础，破坏了教育教学活动的目的性。而且，学校从教育性活动转向管控性活动，背离了“人本”的立场，势必引发教师、学生以及家长的抵制。
