陈寅恪后来名震海内，桃李满天下，清华研究院的学生都尊之为师。然而，这只是广义而言。严格说来，依照该院制度，可以说无一人是陈的嫡传。
清华研究院“学生研究之方法，略仿昔日书院及英国大学制度，注重个人自修，教授专任指导，分组不以学科，而以教授个人为主”。其课程分普通演讲和专题研究两种，后者为学生专门研究学科，共23类，即经学、小学、中国史、中国文化史、中国上古史、东西交通史、史学研究法、中国人种考、金石学、中国哲学史、儒家哲学、诸子、宋元明学术史、清代学术史、中国佛教史、佛经译本比较研究、中国文学史、中国音韵学、中国方言学、普通语音学、东方语言学、西人之东方学、中国音乐考。“学生报考时，即须认定上列任何一类，为来校后之专门研究，考入后不得更改。本院开学日，各教授将所担任指导范围公布，学生与导师自由交谈，就志向兴趣学力所近，于该范围择定研究题目为本学年专门研究”。[1]
考虑到教授与学生的专精和兴趣不免重复，该院章程第六项“研究方法”特规定：“教授所担任指导之学科范围，由各教授自定。俾可出其平生治学之心得，就所最专精之科目，自由划分，不嫌重复；同一科目，尽可有教授数位并任指导，各为主张。学员须自由择定教授一位，专从请业，其因题目性质，须同时兼受数位教授指导者亦可为之；但既择定之后，不得更换，以免纷乱。”[2]由此可见，该院学生在考试前必须确定自己将入哪位先生门下受业。
清华研究院共有教授4人，讲师1人，助教3人，教授和讲师可以招生。1925年和1926年，各人所担任的指导学科如下：王国维：经学、小学、上古史、金石学、中国文学；梁启超：诸子、中国佛学史、宋元明学术史、清代学术史、中国文学、中国文学史、中国哲学史、中国史、史学研究法、儒家哲学、东西交通史；赵元任：现代方言学、中国音韵学、普通语言学、中国乐谱乐调、中国现代方言；陈寅恪：年历学、古代碑志与外族有关系者之研究、摩尼教经典回纥译本之研究、佛教经典各种文字译本之比较研究、蒙古、满洲书籍及碑志与历史有关系者之研究；李济：中国人种考。[3]
据该院颁布的“选考科目表”，报考的专修学科即前引之专题研究的23类，其中经学、小学、中国上古史、金石学为王国维指导，中国音韵学、中国方言学、普通语音学、中国音乐考为赵元任指导，中国人种考为李济指导，佛经译本比较研究、东方语言学、西人之东方学为陈寅恪指导，其余11类为梁启超指导。考试门类包括经学甲乙、小学甲乙、中国史甲乙、中国哲学甲乙、中国文学甲乙、普通语音学、声学、数学、心理学、世界史、统计学、人类学、西洋哲学、乐谱知识及英法德日等外国语（英法德又各分甲乙）。每位考生所选专修学科，均须包括6门考试科目。这些规则，从该院创立直到解散，虽然其间人事变动，却始终没有更改。[4]据统计，1925年、1926年两年该院学生所选专修学科范围如下：
以上共17类，与规定科目相比较，其中目录学为后来增设，中国音乐考、中国音韵学、中国方言学、普通语音学、佛经译本比较研究、东方语言学、西人之东方学等7类无人报考，这7类均为赵元任和陈寅恪的指导范围。[5]
依照规定，每一专修学科应考6门课程，由各科导师预先设定，“考生报考之时，应先自问所拟研究之专题属于本表中某科之范围，即行择定该科，然后应考本表中该科下所指定之六门，决不可倒因为果，妄测各门内容题目之难易，希冀考取，因而改定专研之学科及题目”。尽管院方特意声明“实则分配均匀，各门之难易皆相等”，但考生的知识结构毕竟受时代局限，不得不有所权衡取舍。
