终其一生，拿破仑关于造物主的思考一直都困绕着他的想象力。作为人类的统治者，让他无法释怀的是，居然应该存在着一个统治着全人类的人。他当然没有将自己看作神，一切神化他能力的传说，他都一笑置之。但确有一种力量是不可驾御的，无论称之为上帝、命运还是死亡。自信和想象力又怎能超然物外呢？

首先必须摒弃一切教条。“我坚信，无论是在哪个时代，都有许多人自诩为先知或弥赛亚并因而被处死，耶稣只不过是这些狂热分子中的一位。与《新约》相比，我个人更倾向《旧约》。我在《旧约》中找到了一个出类拔萃之人：摩西……而且我怎能接受一种诅咒苏格拉底和柏拉图的宗教呢？……我不相信有什么赏罚分明的神。因为我看到老实人倒霉，流氓却活得很快活。塔列朗会在**安详死去……如果一个告解神父用地狱的恐惧将我控制，那我又怎能保证自己的独立呢？一个流氓在这样的职位上将拥有多大权力啊！在歌剧中，后台的灯光师岂非能根据自己的喜好利用手中的灯光来摆布舞台上的赫拉克勒斯？”

在这一点上，他始终如一。他从小就不做弥撒。终其一生，他都拒绝做任何形式的内心忏悔。他拒不承认自己完成过任何神迹，而是将之归因于健全的人类理性、果敢、综合、知人善用以及想象力。这样一个人当然不会相信《圣经》中的任何神迹。他以一名后勤军官的逻辑断言，两百万人汲摩西泉止渴乃是无稽之谈。

对末日审判的恐惧，这样的情绪对他而言是完全陌生的。道德只有和政治相联系时才会被他提及。只有到了他在圣赫勒拿岛最后的日子里，有一天晚上，他对亲信说道：“此时此地我们是多么幸运啊！我可以向上帝倾诉内心的苦闷，并且期待他会赐予我幸运和安康！难道我竟没有这样的权利吗？我创下了无与伦比的业绩，却未犯下一宗罪行。我可以昂首走向上帝的审判桌并期待他的判词。我从未萌发过谋杀的念头。”

因此，即便在逆境中，他也从未动摇。在去世前五年，他说，他死时用不着告解神父，不需要有任何人在他临终之际再向他承诺什么。这说明他冷酷的心始终如一。

与之相反，他关于上帝创世纪的想法却是不断变化的。一如他逐渐从革命派变成正统派，他也从唯物主义者变成了有神论者。但这两种发展并非是突然转变，他从一开始就未曾否认过上述的想法，而只是将原本的基础加以拓宽。终其一生，人与自然紧密相连的观念一直伴随着他：“狩猎时，我让人把鹿剖开，发现它的内部结构和人相同。人不过是仅比狗或树更为完善的存在。在生物链中，植物是第一环节，而人类则是最后一环。”那时，皇帝既不了解歌德的形态学，也未读过拉马克的著作。他甚至拒绝接见后者。

他关于心理和物理方面的推断则更有趣味。有一次在圣赫勒拿岛过圣诞节，他提出如下怀疑：“上帝居然允许一个统治者随心所欲地将成千上万的人送上战场，就为了让他们为他而死。这样荒谬的事情实在是太难让人理解了！……儿童的灵魂在哪里？疯子的灵魂又在何处？……什么是电？什么又是电镀学和磁学？大自然的奥秘就在这里。我倾向于这种假设，即人是这些流体和空气的产物。脑子吸进流体与空气，而在死后又将其放归自然，这样它们就能再被其他人的大脑所吸收。”发表了这段歌德式的思想后，他似乎也被自己吓了一跳，因为此时他突然停了下来。然后，犹如一个军人面对另一个军人，他说道：“啊，亲爱的古尔戈，如果我们死了，那我们就真的死了。”